Wanneer de diagnose endometriose wordt vermoed op basis van de anamnese, onderzoek, echo en/of MRI wordt een behandelplan opgesteld. De behandeling is sterk afhankelijk van het klachtenpatroon: pijnklachten, verminderde vruchtbaarheid of een combinatie van beide. Afhankelijk van de ernst zal een overleg plaatsvinden tussen de verschillende specialismen die deel uit maken van het team om zo tot een behandelvoorstel te komen. Indien de verdenking op endometriose erg hoog is wordt ook zonder een definitieve diagnose door middel van een kijkoperatie vaak al gestart met een proefbehandeling met hormonen zoals de anticonceptie pil of een hormoonspiraaltje. Dit laatste geldt vooral wanneer verdenking is op peritoneale of oppervlakkige buikvlies endometriose. Bij endometriose cystes van de eierstok of de zogenaamde diepe endometriose